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它是細菌內的共生型遺傳因子，主要發現于細菌、放線菌和真菌細胞中，質粒具有自主復制和轉錄能力，能在子代細胞中保持恒定的拷貝數，并表達所攜帶的遺傳信息。質粒的分離是利用質粒DNA和染色體DNA在變性與復性中的差異來達到的目的。當菌體在NaOH和SDS溶液中裂解時，蛋白質與DNA發生變性，由于染色體DNA與質粒DNA拓撲構型不同，染色體DNA雙螺旋結構解開，而共價閉合質粒DNA的氫鍵雖被斷裂，但兩條互補鏈彼此相互盤繞仍會緊密地結合在儀器。