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與傳統技術對比存在的優勢與目前采用的物理法和化學法相比，在污水處理方面，微生物技術具有一系列的特點和優勢：具有很強的吸附力和良好的沉降性，很強的降解能力，不需要高溫、高壓、溫和的條件，污染物經過酶催化即可并相對完成，處理水量大，處理費用低廉，僅為物理、化學法的3%～5%。微生物物種豐富、資源廣泛、具有多種代謝類型，幾乎可降解或轉化環境中存在的各種天然物質，易培養、繁殖快、對環境有較強的適應能力和易實現變異等特性，一旦新的化合物出現，它們也能逐步通過自發或誘導產生新的酶系，具備新的代謝功能，從而降解或轉化那些新的化合物。
