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土壤微生物組是地球上重要的分解者，具有多重生態與環境功能。首先微生物是土壤-植物系統中生源要素遷移轉化的引擎，土壤中有機質的分解與積累，氮素轉化（包括生物固氮）等過程無不與微生物的活動密切相關。這也是傳統土壤微生物學研究的重點，這些研究主要圍繞元素轉化速率、養分利用率、與相關土壤酶活性及功能基因的關系等進行。事實上，土壤微生物組決定了氮素轉化及其有效性，如生物固氮、硝化作用和反硝化作用的酶活性及其與相關微生物功能基因的關系等，在提高氮素利用率和減少氮肥施用的負面環境效應方面發揮了重要作用。
