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蛋白酶K時常應用于分子生物學領域。在制備核酸時，蛋白酶K可以將雜蛋白去除，并迅速使核酸酶失活，避免其降解目標產物DNA和RNA。另外，蛋白酶K還有其他優點，它在變性劑存在下仍能保有活性，如SDS、尿素、EDTA等等，這點與其他蛋白酶（如胰蛋白酶、胰凝乳蛋白酶）相當不同。
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