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第三方消毒供應中心的建設運營主要依據2016年國家衛計委發布的《醫院消毒供應中心第1-3部分》（簡稱WS310.1/2/3-2016）執行，2018年6月11日，國家衛健委發布關于印發醫療消毒供應中心等三類醫療機構基本標準和管理規范試行的通知。

第三方消毒供應中心應當按照本通知的相關要求，在2019年6月1日前按照《醫療消毒供應中心基本標準（試行）》和《醫療消毒供應中心管理規范（試行）》兩個文件的規定，完成對消毒中心基礎設施、消毒設備、人員配置等各個方面的調整，并且取得《醫療機構執業許可證》。該通知的發布意味著第三方消毒供應中心，將徹底告別不太規范的時代，進入規范化的運作軌道。

醫療消毒供應中心基本標準和管理規范兩個試行文件對第三方消毒供應中心的建設運營提出了新要求，在科室設置、人員配置、基礎設施、功能區規劃、設備配置等方面都做出了詳細的規定。

基礎設施方面，規定了消毒滅菌流水線、凈水處理流水線、配送物流流水線等業務場地的建筑面積，從場地方面保證相關業務能夠正常開展。

功能區規劃方面，包括主要功能區、輔助功能區和管理區三大部分。其中，主要功能區是消毒供應中心的組成核心，涉及消毒物品的去污、檢查、折疊、包裝、滅菌、存放及配送等操作流程，它規劃的科學性和完備性直接影響消毒供應服務的能力和效率，是企業生存發展的關鍵。