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貿易公司注冊好后默認為小規模納稅人，若開具增值稅專用發票，需申請一般納稅人資格。小規模納稅人開普通銷售發票，一般納稅人開具的發票是增值稅專用發票。這兩種發票所交納的稅率是不一樣的，小規模納稅人的稅率自2009年開始是3%，一般納稅人的稅率是17%。
貿易公司無論是小規模納稅人還是一般納稅人除了交納增值稅外，還需交納企業所得稅及地方附加稅。
一、貿易公司增值稅稅率
1、小規模納稅人稅率為：3%。其納稅計算方式為開票額X3%。
2、一般納稅人稅率為：17%。其納稅計算方式為先由進項抵銷項，再乘以稅率。
二、貿易公司企業所得稅稅率
貿易公司企業所得稅有兩種征收方式，即查帳征收與核定征收，這兩種征收方式的稅率也不同。
1、所得稅查帳征收：適用財務會計核算規范的企業，按收入減成本費用后的凈利潤計算企業所得稅，稅率為25%。
2、所得熟核定征收：是對能夠正確核算收入而不能正確核算成本費用的企業適用，按開票額計算企業所得稅，稅率為1%%，如果貿易公司開票額為100萬元人民幣，按核定征收所交納的企業所得稅為1萬元人民幣。
在上海注冊的貿易公司，公司注冊完成后前三個月企業所得稅是查帳征收，三個月后可以申請核定征收。
三、貿易公司地方附加稅
地方附加稅包括城市維護建設稅、教育附加稅、河道管理費，其是根據貿易公司交納的營業稅計算的，稅率如下：
1、城市維護建設稅：稅率為1%。如果貿易公司交納100元的營業稅，那么其所交納的城市維護建設稅為1元。
2、教育附加稅：稅率為3%。如果貿易公司交納100元的營業稅，那么其所交納的教育附加稅稅為3元。
3、河道管理費：稅率為1%。如果貿易公司交納100元的營業稅，那么其所交納的河道管理費為1元。
四、貿易公司稅收優惠政策
除地方附加稅外，貿易公司其它稅種稅率是全國統一的。貿易公司的稅收優惠政策主要體現在返稅上。以注冊上海貿易公司為例，其享受的稅收優惠政策如下：
在上海郊區開發區注冊貿易公司，可以享受高額的返稅優惠政策，營業稅可返到實際交稅額的20-45%，企業所得稅可返實際交稅額的10-18%。
上海各個郊區及開發區的返稅情況不一樣，上海金山開發區市區辦事處在上海注冊貿易公司，并提供開發區注冊地址、代理記帳等公司注冊全套服務。
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