1. 申請專利前，發明人應進行專利與非專利文獻檢索，確定擬申請專利是否具有新穎性、創造性、實用性;
2. 發明人根據文獻檢索結果與專利要求保護的范圍，編寫專利申請案說明書初稿及其它文件，同時填寫《理化所專利申請表》;
3. 發明人將編寫完的申請案說明書初稿及其它文件的電子版，與《申請表》一起交業務處;
4. 業務處對發明人遞交的申請材料進行形審后，委托專利代理公司代理申請;
5. 專利代理人根據申請案說明書初稿，撰寫正式申請文件。期間，專利代理人有權向發明人了解與申請案有關的技術資料，并對申請內容負有保密責任;
6. 所有申請文件經發明人確認后，專利代理人將按專利局規定的格式完成填寫、打印、復制等，然后正式向專利局遞交申請;
7. 對于符合受理條件的申請，專利局將予以受理，確定申請日、申請號，發出受理通知書;
8. 業務處收到受理通知書后，為該專利申請建檔立案，繳納各種申請費用。
9. 業務處將在所內網上辦公系統中披露相關受理信息，同時為研究組提供受理通知書復印件，并為研究組查詢、復印該專利申請其他相關文件提供方便。
10. 專利局對受理的專利申請進行初審，認為合格，發給初審合格通知書，自申請日起十八個月，即行公開;認為不合格，通知補正，補正合格，予以公開，不合格，駁回該申請。
11. 自申請日起三年內，向專利局提出實質審查請求，專利局將根據自己的工作安排，對專利申請進行實審，并做出授權決定或審查意見通知書
12. 業務處收到審查意見通知書后，及時通知發明人，配合專利代理人，在指定期限內對審查員的意見進行答復
13. 業務處在收到專利局的授權通知后，在法定期限內，辦理專利登記手續，繳納各種費用。
14. 專利局收到繳納的各種登記費用后，對此專利予以授權登記和公告，并發給專利證書。
15. 業務處收到證書后，將在辦公網上予以公布，發明人見到此信息后，可到業務處領取證書復印件。所有原件由業務處留存。
16. 每年初，業務處集中征集授權3年以上專利的處理意見，對于發明人建議放棄的專利，征得所長同意后，予以放棄，其他專利及時交納年費，維護專利權的存續。
17. 每年3月，對上一年授權專利的發明人予以獎勵。