很多科技服務機構不愿意輔導初創型的企業申報高企，因為新成立的初創型企業在申報高新技術企業認定過程中，必然會遇到以下幾個難以回避的問題：
1、社保
有些初創型企業為了節省費用，往往核心創業人員甚至初創團隊的員工都不繳納社保，將錢省下來用于產品研發、生產、銷售。
2、財務
初創型的企業多以技術人才為主，這類企業技術方面比較領先，但財務管理方面就相對比較松散。互聯網支付技術的發展，導致很多企業采用線上收款，直接進入賬戶，即使進入公司賬戶也很少開票，導致財務賬目混亂，這不但會影響高新技術企業的申報認定，甚至會帶來不必要的高額稅收和稅務風險。