1、針對的對象不同
認證的對象是產品、服務和管理體系(包括質量管理體系、環境管理體系、職業健康安全管理體系)，面向的是需要進行認證審核的各類組織(企業或其他機構)。
而認可的對象是認證機構、檢查機構、實驗室和認證培訓機構以及從事審核、評審等認證活動的人員。
2、性質不同
認可機構(例如CNAS)：必須經政府部門授權，其認可活動受到政府部門直接的監督與管理，其認可結果得到政府和社會的普遍承認。
認證機構(例如第三方檢測認證機構)：完全獨立、公正的第三方機構，是以營利為目的，幫助需要認證的組織按認證標準建立一套符合標準要求的管理體系。認證機構對有關產品、服務等進行認證合格后，應當頒發認證標志。這種標志類似于商標一樣，受商標法的保護。(如綠色產品認證)
3、依據不同
認證的依據是相關技術規范、相關技術規范的強制性要求或標準。如IS0900l, IS014001，ISO45001等。
認可的依據是認可準則與認可程序和有關法律、法規。
4、級別不同
認證機構需要得到認可機構的認可之后才能實施認證工作。例如第三方檢測機構需要獲得CNAS認可以后才能開展相關工作。