目前，在保證水質安全的條件下熱水系統共有3種滅菌方法：
1）紫外光催化二氧化鈦裝置（AOT）；
2）銀離子消毒器；
3）高溫殺菌消毒。
每種方法各有不同：
1） 紫外光催化二氧化鈦裝置（AOT）消毒滅菌：一過性瞬間滅菌；串聯于管路中即可所以安裝簡單；自動運行報警不需人工操作；適用溫度4℃~70℃。適合于任何熱水系統。
2） 銀離子消毒器：要有180分鐘以上的作用時間才能達到效果；離子濃度不能隨水量的波動及時調整；對銀離子濃度有要求，濃度超標有重金屬中毒的危險，濃度低不能起殺菌效果，且目前沒有在線檢測離子濃度的裝置。適合于水量穩定有作用時間的系統中。
3） 高溫殺菌消毒：高溫運行會增加系統的運行能耗，溫度越低能耗越低，每降低10度節能可達25%；結垢嚴重、管路的腐蝕速度快，同時減少設備和管路的壽命；有燙到的風險尤其是幼兒園、療養院和醫院，需配有防燙的裝置。
