脈動真空滅菌是一種高溫蒸汽滅菌方法，蒸汽滅菌是一種古老的滅菌方法，在很早就開始使用。隨著滅菌技術的進步，高溫蒸汽滅菌演變成滅菌效果更好的脈動真空滅菌器。脈動真空的滅菌是以飽和蒸汽作為滅菌介質，使用機械抽真空的方式，將滅菌室內的空氣抽成真空，再注入蒸汽，再未達到設定的壓力和時間時，再次抽真空和注入蒸汽。待到設置的溫度和壓力時，生物受熱力作用加速運動，生物蛋白質肽段斷裂，破壞生物的酶和結構蛋白，從而殺死細菌。
脈動真空滅菌器是對滅菌室多次抽真空再多次沖入高溫蒸汽的方法，是的滅菌室內的冷空氣有效的置換出來，待達到設定的溫度，濕度，壓力時，利用高溫蒸汽進行熱力滅菌，細菌組成的結構的蛋白質加速運動，破環生物酶和組成的結構蛋白，從而導致微生物死亡。且在真空壓力作用下，蒸汽可以更快的彌散到滅菌產品的外部和內部，滅菌更加徹底，對于滅菌物品的損壞程度小。