信息安全管理體系文件編制完成以后，組織應按照文件的控制要求進行審 核與批準，并發(fā)布實施，至此，信息安全管理體系將進入運行階段。體系運行初期一般稱為試運行期或磨合期，在此期間體系運行的 目的是要在實踐中檢驗體系的充分性、適用性和有效性。在體系運行初期，組織應加強運作力度，通過實施其手冊、程序和各種作業(yè) 指導性文件等一系列體系文件，充分發(fā)揮體系本身的各項功能，及時發(fā)現(xiàn)體系策劃本身存在的問題，找出問題根源，采取糾正措施， 糾正各種不符合，并按照更改控制程序要求對體系予以更改，以達到進一步完善信息安全管理體系的目的。
有針對性 地宣貫信息安全管理體系文件。
體系文件的培訓工作是體系運行的首要任務，培訓工作的質量直接影響體系運行的結 果。組織應根據培訓工作計劃的安排并按照培訓程序的要求對全體員工實施培訓。通過培訓使全體員工認識到新建立或完善的信息安 全管理體系是對過去信息安全管理體系的變革，是為了向國際先進的信息安全管理標準接軌，要適應這種變革和新管理體系的運行， 就必須認真學習、貫徹信息安全管理體系文件。
實踐是檢驗真理的唯一標準。
體系文件通過試運行 必然會出現(xiàn)一些問題，全體員工應將實踐中出現(xiàn)的問題和改進意見如實反饋給有關部門，以便采取糾正措施。
將體系 試運行中暴露出的問題，如體系設計不周、項目不全等進行協(xié)調、改進。
信息安全管理體系的運行涉及組織體系范圍 的各個部門，在運行過程中，各項活動往往不可避免的發(fā)生偏離標準的現(xiàn)象，因此，組織應按照嚴密、協(xié)調、高效、精簡、統(tǒng)一的原 則，建立信息反饋與信息安全協(xié)調機制對異常信息反饋和處理，對出現(xiàn)的問題加以改進，并保證體系的持續(xù)正常運行。
加強有關體系運行信息的管理，不僅是信息安全管理體系試運行本身的需要，也是保證試運行成功的關鍵。
所有與 信息安全管理體系活動有關的人員都應按體系文件要求，做好信息安全的信息收集、分析、傳遞、反饋、處理和歸檔等工作。
信息安全體系文件屬于組織的信息資產，包含有關組織的全部安全管理等敏感信息，組織應按照信息分類的原則對其 進行分類、進行密級標注并實行嚴格的安全控制，未經授權不得隨意復制或借閱。
策劃階段，組織應：
定義ISMS的范圍和方針；
定義風險評估的系統(tǒng)性方法；
識別風險；
應用組織確定的系統(tǒng)性方法評估風險；
識別并評估可選的風險處理方式；
選擇控制目標與控制方式；
當決定接受剩余風險時應獲得管理者同意，并獲得管理者授權開始運行信息安全管理體系。
實施階段，組織應該實施選擇的控制，包括：
實施特定的管理程序；
實施所選擇的控制；
運作管理；
實施能夠促進安全事件檢測和響應的程序和其他控制。
檢查階段，組織應：
執(zhí)行程序，檢測錯誤和違背方針的行為 ；
定期評審ISMS的有效性；
評審剩余風險和可接受風險的等級；
執(zhí)行管理程序以確定規(guī)定的安全程序是否適當，是否符合標準，以及是否按照預期的目的進行工作；
定期對ISMS進行正式評審，以確保范圍保持充分性，以及ISMS過程的持續(xù)改進得到識別并實施；
記錄并報告所有活動和事件。
改進措施階段，組織應：
測量ISMS績效；
識別ISMS的改進措施，并有效實施；
采取適當的糾正和預防措施；
與涉及到的所有相關方磋商、溝通結果及其措施；
必要時修改ISMS，確保修改達到既定的目標。
ISMS：ISMS（Information Security Management System）是信息安全管理體系。ISOIEC17799:2000它是繼ISO9000、ISO14000和OHSAS18000之后，又產生的一個管理體系標準—信息安全管理體系標準。
信息安全就是組織應明確需要保護的信息資源，確保信息的機密性、完整性和 可用性，并保持良好的協(xié)調狀態(tài)。信息安全對企業(yè)經營非常重要，為了防止信息安全事故或事件的發(fā)生，盡管在技術方面采取了防火 墻和入侵監(jiān)測系統(tǒng)，但是人為因素造成的信息機密流失仍然占有很高的比率（據說約70%）。因此，建立信息安全管理體系十分必要。
為了建立、實施和保持信息安全管理體系，首先應策劃信息安全管理體系的方針和目標，識別、分類和清理信息資源，根據其危險程度、薄弱環(huán)節(jié)和發(fā)生頻次，實施風險控制，包括回避、轉移、控制和消除風險。按PDCA循環(huán)模式，建立信息安全管理體系。建立信息安全管理體系共有8個階段。包括確定ISMS適用范圍、策劃ISMS方針目標、策劃風險控制的過程、識別和評估風險、對風險控制現(xiàn)狀分析、選擇和制訂管理方案、識別存在的遺留風險和正式實施ISMS。
用于 ISMS認證的標準有ISOIEC17799:2000和BS7799-2:1999。據說，到2003年8月15日止，按BS7799認證的企業(yè)全共有282家，其中中國有5家。英國多，有99家。ISOIEC JTC1SC27正在對ISOIEC17799:2000進行修訂。預計2004或2005年正式發(fā)布修訂版本。采用ISOIEC17799建立ISMS，并取得認證的好處在于能夠建立完善的信息安全管理體系，從管理角度防止信息系統(tǒng)出現(xiàn)安全事故或事件；對外樹立信息系統(tǒng)可靠性形象，滿足顧客要求，提高企業(yè)競爭能力。認證的范圍適合于所有類型和規(guī)模的組織，特別是涉及個人信息保護的組織，例如金融、通訊、醫(yī)療、社區(qū)管理、電子商務和電子政務等。