到目前為止，全球已出現了多種多樣的森林認證體系，在不同的體系下其認證的程序也不完全一樣，但主要步驟是相同的，即申請、檢查（或審計）、做出決定和頒發證書。
森林經營單位在申請森林認證之前要進行自我評估，為正式認證做準備，步驟為：
一步：評估森林認證的必要性。森林經營單位應確認本單位是否有開展認證的必要，即認證將為企業經營帶來收益，諸如認證將提高產品的市場競爭力，認證的收益將超過認證成本等等。
二步：選擇合適的認證證書和認證機構。森林經營單位應根據消費者或市場對某種認證證書的需求，決定選擇哪種認證體系。
三步：開展內部評估。森林經營單位在正式認證之前，應進行內部的初步評估，包括對認證標準的選擇，本地條件下標準的釋，運用標準對企業經營活動進行評估，以確定本單位符合認證要求的程度。
四步：改進和完善森林經營管理以實現森林的良好經營。在內部評估之后，森林經營單位應對森林經營中存在的不足加以改進，例如制定明確的經營目標，采取切實可行的實施步驟。
這些工作做好以后，森林經營單位就可以正式申請認證。通常情況下，森林認證是按照下面的流程圖進行的，在各個環節，認證機構和森林經營者都承擔著相應的責任。
為什么要開展森林認證？
在過去的20年中，人類對森林的濫砍亂伐和經營不善造成了森林大面積衰退，導致全球森林資源匱乏，生態環境日益惡化，人類賴以生存的空間受到嚴重威脅。這個問題引起了社會各界人士的關注。他們采取了各種措施，企圖抑制森林衰退和森林面積的減少，但效果并不明顯。 在20世紀90年代，人們將森林的可持續經營與木材的銷售市場聯系在一起，環境意識強的消費者希望通過他們只購買源自經營良好森林的木材產品的行動來支持森林可持續經營。森林認證就是為適應這種市場機制而興起，并蓬勃發展起來的。
PEFC認證機構
截止2006年1月，PEFC認可了15家認證機構，分別是：
（1）美國科學認證體系森林保護計劃（Scientific Certification Systems Forest Conservation Program），簡稱SCS；
（2）美國非政府組織雨林聯盟精明木材認證計劃（Rainforest Alliance Smart Wood Program），簡稱SmartWood或SW；
（3）英國非政府組織土壤協會木材標簽計劃（Soil Association Woodmark Scheme），簡稱SA；
（4）英國SGS公司；
（5）英國的BM TRADA認證有限公司，簡稱TT；
（6）德國農業技術咨詢公司Terra體系，簡稱GFA；
（7）意大利的Certiquality；
（8）瑞士的IMO；
（9）荷蘭的SKAL；
（10）加拿大的KPMG森林認證服務公司，簡稱KPMG；
（11）瑞士質量和管理體系協會（SQS）；
（12）法國的CTBA；
（13）法國的EUROCERTIFOR，簡稱EUR；
（14）意大利的ICILA；
（15）墨西哥的VIBO。
另外，曾經認可的認證機構加拿大的SFF和南非的SABS被暫停或吊銷了認證資格。還有4個國家的4個認證機構向PEFC提出了申請。
PEFC森林管理原則與標準
森林資源及其土地的經營應當滿足當代人和后代人的社會、經濟、生態、文化和精神需求，這一觀點已得到廣泛的認同。 而且，隨著公眾對森林破壞和退化問題的日益關注，使得消費者要求他們購買的木材和其它林產品不僅不會對森林造成破壞，而且有助于拯救未來的森林資源。為了滿足這類要求，木材產品的認證和自愿認證體系在市場上應運而生。
PEFC是認可認證機構的國際組織，以確保認證機構認證的真實性。在任何情況下，認證過程都是由林主和經營者自愿發起的，他們只要求認證機構提供相關服務。 PEFC的目標是通過制定世界范圍內廣泛認可的標準和相關的森林管理原則，以促進對環境負責、對社會有益和在經濟上可行的全球森林經營活動。
正如原則9和相關術語表中所提出的那樣，PEFC原則與標準適用于所有的熱帶、溫帶和寒帶森林。 許多原則與標準也適用于人工林和部分人工補植的森林，可以在國家和地區水平上起草更為詳細的、適用于各類森林植被類型的標準。 PEFC原則與標準應納入到尋求PEFC認可的所有認證機構的審核體系和標準中。雖然PEFC原則與標準主要是為生產木質產品的森林經營而制定的，但在很大程度上也可應用于生產非木質林產品及提供其它服務的森林經營。 原則與標準是一個整體，沒有主次之分，本文件應與PEFC條例、認可程序和認證機構指南一并使用。
PEFC及其認可的認證機構并不一定強求完全符合其原則與標準，但如在任何一條原則上存在重大差距，則通常被認為不合格，或導致證書吊銷。 這需要獨立的認證機構依據每個標準滿足的程度和差距的重大程度及其后果做出判定，允許根據當地情況做出某些靈活處理。
PEFC森林管理原則與標準
在一切認證審核過程中都要考慮到森林經營作業的規模和強度，受影響資源的獨特性以及相關森林的生態脆弱性。 各國和地區的森林管理標準會指出PEFC的原則與標準解釋的差異與難點，這些標準將在各國和地區的參與下制訂，并由認證機構和其它參與及受影響各方逐項進行認證審核。 如有必要，PEFC的爭端解決機制在審核過程也提倡采用本辦法。欲知更多有關認證和認可程序的信息與指南，請參閱PEFC條例、認可程序和認證機構指南。
使用PEFC原則與標準必須符合國家和國際的法律制度。PEFC旨在補充、而非替代支持全球負責任的森林經營的其它倡議。
PEFC將開展教育活動，以提高公眾對下列問題的重要性的意識：
· 提高森林經營水平；
·將經營和生產成本計入林產品價格；
·促進森林資源的優利用模式；
·減少破壞與浪費；
·避免過度消費與過度采伐。
PEFC還將針對這些問題為決策者提供指導，包括完善森林經營法規和政策。