森林認證有兩種費用：直接費用即認證本身的費用和間接費用即為滿足認證要求，森林經營單位在提高管理水平、調整經營規劃、培訓員工等方面所支付的費用。多數情況下，后者比前者更高。
直接費用
直接費用又稱固定費用，它包括：
森林評估和審計費用；
年度審計費用。
影響因素有：
認證機構評估的可行性；
認證實施的難易程度和規模；
森林經營單位管理體制的效果和透明度；
森林經營單位的大小、管理結構的復雜程度、
生物多樣性的豐富程度、社會環境的多樣性
以及有關活動記錄的清晰程度。
一般來說，熱帶雨林的認證費用要高于溫帶林，天然林的認證費用要高于人工林。
間接費用
間接費用又稱可變費用，它與認證單位實施的森林經營體系質量有關。良好的森林經營體系就不必對現有的森林經營長遠規劃、森林作業操作規程做大的調整，也不必為培訓、森林經營等進行更大的投入，從而減少為通過認證而在這些方面所支付的費用。
認證費用與認證森林的規模相關。在同等經營水平下，規模小的森林比規模大的森林的認證費用要高。
森林認證的效益主要表現在三個方面：環境效益、社會效益和經濟效益。
環境效益
保護生物多樣性及其價值、水資源、土壤、獨特而脆弱的生態系統和自然景觀等； 維持森林的生態功能和生態系統的完整性，促進森林的可持續經營； 保護瀕危物種及其生境。
社會效益
確保所有利益各方的權利得到尊重和實現。
經濟效益
確保木材的長期供應；
提高森林生產力；
穩定森林經營權；
加強企業的基礎管理和環境管理；
保持或增加市場份額；
生產有差別產品；
產品溢價；
改善與各利益方的關系；
加強與管理者的聯系，獲得森林經營的優先權；
提高職員的士氣和能力，吸引人才；
提高企業產品在國際市場上的競爭能力和信譽；
獲取更多的財政和技術支持。
到目前為止，全球已出現了多種多樣的森林認證體系，在不同的體系下其認證的程序也不完全一樣，但主要步驟是相同的，即申請、檢查（或審計）、做出決定和頒發證書。
森林經營單位在申請森林認證之前要進行自我評估，為正式認證做準備，步驟為： 一步：評估森林認證的必要性。森林經營單位應確認本單位是否有開展認證的必要，即認證將為企業經營帶來收益，諸如認證將提高產品的市場競爭力，認證的收益將超過認證成本等等。
二步：選擇合適的認證證書和認證機構。森林經營單位應根據消費者或市場對某種認證證書的需求，決定選擇哪種認證體系。
三步：開展內部評估。森林經營單位在正式認證之前，應進行內部的初步評估，包括對認證標準的選擇，本地條件下標準的解釋，運用標準對企業經營活動進行評估，以確定本單位符合認證要求的程度。
四步：改進和完善森林經營管理以實現森林的良好經營。在內部評估之后，森林經營單位應對森林經營中存在的不足加以改進，例如制定明確的經營目標，采取切實可行的實施步驟。
這些工作做好以后，森林經營單位就可以正式申請認證。通常情況下，森林認證是按照下面的流程圖進行的，在各個環節，認證機構和森林經營者都承擔著相應的責任。
所謂森林認證是指:由一個獨立的、有一定性的三方,依據公認的森林可持續經營的標準與原則,對森林或森林產品經營者的經營管理活動進行審核與評判,對合格者頒發證書的過程。
有不少客人咨詢我們FSC是什么認證？ 我們公司是否可以操作FSC的訂單。
簡而概之：FSC認證，就是可能追溯、證明產品從森林到消費者手中完整鏈條。包括生產、加工、運輸及零售直到終消費者手中的過程符合FSC的要求和規定。
雖說通常需要認證的行業較多的出現在：家具、紙張、板材、地板、玩具、印刷廠等行業。但與這些行業相關的行業中也時常出現。
相關企業有沒有必要去做這么一個認證？
筆者認為企業要量力而行。畢竟認證有效期只有五年。而對于FSC一次認證費用，通常會在三萬左右。換一句話說，如果在這五年里面，你所在的企業，所接的FSC訂單，連五萬的利潤都沒有。那么擁有這個認證，意義并不大。
當然，據筆者了解，像國人熟悉的華為手機，他們手機包裝上所使用的就是FSC認證過的材料及生產廠家。如果你的企業擁有類似華為一般規模的采購量，那一個FSC認證，對你的企業來說是九牛一毛。這筆投入，性價比是極高的。