第一，通過代理機構申請應該注意的問題。一個是要找專業的代理機構，要有正規的資質，這樣才能我們的利益不受侵害。尤其是單位申請軟件著作權，一定要委托正規的公司去辦理，減少不必要的麻煩。另外就是申請的時候要提供充足的材料，對于核心材料要其安全性，防止發生被竊的情況。如果需要提交核心資料，好和代理公司一同去辦理，這樣更加保險一些。 而專利與軟件著作權則不同，專利是起到了直接的保護作用。專利的申請要先向專利局提出申請，需要詳細的描述自己的軟件構思以及技術方案等等，需要用言語描寫出來。一般專利的保護方面更多，也更涉及到核心部分，比起軟件著作權來說有了更好的保護意義，這也是現在為什么越來越多的人會選擇采用專利申請保護的方式，能夠更好地維護自我效益，安全有保障。 從內容上看專利軟件著作權的保護內容是各有不同，著作權保護的是軟件的源代碼，而專利則更偏向于技術核心部分，在申請的時候需要先做好區分，看看自己的申請到底是屬于專利還是著作權。而從保護條件上看其實兩者也有一定的區分，著作權是自動取得，不需要有內容上的審核，而專利的話則要向的知識產權局提出申請，然后對其本身的專利進行審核，看是否通過。 不同對于專利或是軟件著作權號的保護機制不同，有些規定專利或是作品一定要能夠有版權標記才能夠受到法律保護，但是有些固定，無論專利還是著作是否標記并不影響了作品的保護程度。