近幾年，隨著規模化畜禽養殖業的迅速發展，在帶動了農村經濟發展的同時也帶來了日益嚴重的農村環境污染問題，由此引發的群眾環境投訴和污染糾紛案件不斷上升，已成為目前亟待解決的一個社會問題。
1.當前畜禽養殖業污染的現狀與問題
目前，農村畜禽養殖業主要集中在養雞、養牛、養羊、養狐貍等種類上，尤其以規模化養殖小區和零散養殖戶養雞大棚占的比例較大。畜禽養殖業的迅速發展，對區域環境質量產生了嚴重影響，部分區域流域的空氣、地表水和地下水的污染程度已相當嚴重。
1.1糞便污染
目前畜禽養殖產生了大量糞便，畜禽糞便中含有大量氮、磷和有機污染物等。由于以往畜禽養殖場（戶）環境意識差，畜禽糞便隨意堆放，并隨雨水進入水系。因此，畜禽糞便成為繼工業污染、生活污水垃圾污染之后的第三大污染源，是造成農村環境污染的主要原因。
1.2水質污染
畜禽養殖場排出的污水，嚴重污染地下水。高濃度的污水排入河中，造成水質不斷惡化。污水對周邊農民的生產生活帶來極大影響，有些已對集中飲用水源地構成嚴重威脅。
1.3大氣污染
畜禽糞便經過發酵后會產生大量的氨氮、硫化氫、糞臭素、甲烷等有害氣體，這些氣體不但會破壞生態，而且還會直接影響人類健康。在畜禽養殖過程中，由于對糞便處置不當，相當部分養殖場周圍緊靠公路、村莊設置的雞糞晾曬場散發出非常難聞的氣味，嚴重影響了周邊居民的生產生活，老百姓苦不堪言，過往行人怨聲載道，養殖戶自己也深受其害。
2.畜禽養殖業環境污染的主要原因
2.1畜禽養殖場（戶）無統一規劃，選址不合理
有些養殖場（戶）是依河兩岸的溪流河溝而建，分布散亂，并且大部分未辦理有關手續，污染處理設施未建設或不完善即投入養殖，產生的廢水、廢物直接通過溪流河溝匯入較大流域中，對周圍居民的生產、生活環境產生較大影響,甚至直接威脅城市集中飲用水源的安全
2.2污染處理設施和配套管理跟不上
目前大部分畜禽養殖場基本屬于粗放型的管理模式，無較為嚴格的管理制度和規章，在消毒、糞便管理等方面污染防治設施不完善，對水環境造成一定污染。
2.3農牧脫節，糞便綜合利用率低
由于受土地資源的制約，絕大多數畜禽養殖場（戶）沒有相應的配套耕地，即使有耕地消納畜禽糞便的，也因面積不足，而無法全部進行消納處理，糞便資源未得到有效綜合利用。